Saison 1

Lorsqu'une lycéenne mutante nommée Hisako Ichiki est portée disparue dans le nord du Japon, ses parents demandent l'aide du professeur Xavier. Sentant que la disparition d'Hisako est d'une grande importance pour les mutants, le professeur X réunit ses X-Men. Cependant, en raison de la perte de son amant, Jean, Cyclope, le leader des X-Men, refuse de revenir.

Les X-Men, menés par Cyclops, se rendent au Japon pour rechercher le mutant disparu Hisako. Ils découvrent que d'autres mutants ont également disparu et font face aux préjugés de la population locale. Leur enquête est entravée par les U-Men, un groupe de scientifiques fanatiques qui font des expériences sur des mutants réticents.

Les X-Men trouvent Hisako et Emma Frost, une mutante télépathique, alors qu'ils fouillent le quartier général des U-Men. Cyclope blâme Emma pour la mort de Jean il y a un an, mais Emma nie cela, expliquant qu'elle était l'instructrice d'Hisako et qu'elle était venue la secourir. Les X-Men se méfient d'Emma. Puis, le savant fou des U-Men, Todd, lance une attaque.

Après que les X-Men aient détruit la cachette des U-Men, le corps d'Emma prend la forme d'un diamant tout en protégeant Hisako d'un faisceau laser. Il s'agit d'une « mutation secondaire » chez les mutants. Les X-Men décident de ramener Emma et Hisako à l'Institut Xavier pour un examen. Pendant le vol, le Blackbird est attaqué par un étrange...

Le professeur Xavier annonce Hisako et Emma comme nouveaux membres des X-Men. Cyclope s'oppose à ce qu'Emma le rejoigne, alors qu'Hisako commence son entraînement. Hisako est troublée par la puissance de ses capacités. Pour gagner la confiance de Cyclope, Emma autorise le professeur Xavier à effectuer un examen télépathique afin que tout le monde puisse voir ses pensées.

L'examen télépathique du professeur Xavier confirme la loyauté d'Emma et réunit les X-Men. Xavier perçoit une force puissante dans le nord du Japon qu'il ne comprend pas. Munis d'un vaccin contre le syndrome de Damon-Hall, les X-Men retournent dans le nord du Japon. Mais alors qu'ils repartent, une force inconnue et très puissante émerge.

Les X-Men arrivent dans une installation de montagne dirigée par Yui Sasaki, qui l'exploitait à l'origine comme une école pour les enfants mutants, y compris Hisako. Emma, Wolverine et Beast sentent que Yui cache quelque chose. Yui contacte alors le professeur Xavier à New York pour lui annoncer des nouvelles choquantes à son sujet.

Riko et Kaga attaquent l'établissement après être tombés malades, mais ils sont maîtrisés. Emma voit un homme inconnu et se demande si c'est lui qu'elle a vu précédemment. Le professeur X n'arrive pas pour rendre visite aux X-Men.

Yui avait donné à Riko et Kaga un médicament susceptible d'avoir des effets secondaires imprévus. Emma apparaît devant Jun, qui est descendu dans l'installation souterraine, et découvre qu'il est le chef du Cercle intérieur, Mastermind. Les X-Men arrivent, mais Wolverine est troublé par l'illusion de Mastermind et attaque Cyclope.

Une installation souterraine secrète contient la source d'une immense énergie qui affecte le nord du Japon. Mastermind prévoit d'utiliser ce pouvoir pour contrôler le monde, mais il en est empêché lorsque les X-Men affrontent les quatre piliers du cercle intérieur invoqués par Mastermind. Après avoir vaincu les Quatre Piliers, les X-Men sont choqués par une révélation de Yui.

Takeo, le fils du professeur Xavier et de Yui, est à l'origine du pouvoir qui affecte les mutants du nord du Japon. Yui a essayé de cacher l'existence de Takeo et de supprimer ses immenses pouvoirs, mais Mastermind a commencé à les manipuler à ses propres fins. Le pouvoir de Takeo est si grand qu'il peut déformer toute la réalité.

Les pouvoirs de Takeo provoquent d'étranges événements dans le monde entier, mettant en danger les humains et les mutants. Les X-Men attaquent Takeo ensemble mais ne peuvent pas le vaincre. Le professeur Xavier rencontre son fils en personne et psychiquement, mais Takeo résiste farouchement. Takeo n'étant plus mortel, on ne sait pas si les X-Men peuvent espérer l'arrêter.