Saison 1

Après avoir participé à une émission de téléréalité, Axel, Hawk, King, Lioness et Shark, se voient proposer un emploi de testeurs de véhicules expérimentaux par M. Lee, président et fondateur de Lee Industries. Ils acceptent l'offre, mais lorsqu'un dangereux criminel de génie nommé Paine s'évade de prison, Axel est personnellement impliqué dans sa recapture.

Lee fournit à l'équipe de nouveaux équipements et des armes à tester. Pendant ce temps, Paine et son homme de main Spydah cherchent à détruire le barrage de Landmark City.

Les Alpha Teens quittent le laboratoire de recherche et développement de Lee pour s'installer dans un centre aquatique abandonné. Pendant ce temps, suite à un accident provoqué par Axel, Paine acquiert de nouveaux pouvoirs qui lui permettent d'infliger une douleur atroce à ceux qu'il touche.

Paine découvre l'existence du Nutronium, une substance chimique capable de mettre fin à ses douleurs chroniques. Avec l'aide d'Albert, un dangereux criminel à la carrure imposante, il tente de s'en emparer. Au plus fort de l'affrontement avec les Alpha Teens, Paine transforme involontairement Albert en Flesh, un géant surpuissant.

Les Alpha Teens, Lee et le responsable de la sécurité de Landmark City se retrouvent piégés dans le Lee Plaza, qui n'a pas encore ouvert ses portes. Silas Greene, l'architecte dérangé du bâtiment, cherche à se venger de Lee en utilisant les robots de sécurité et d'autres dispositifs létaux pour l'éliminer.

Les Alpha Teens accompagnent Hawk sur une île ayant servi de site d'essais militaires. Si la nature animale de King éclipse Hawk, elle attire également l'attention de Recombo, un savant fou qui fusionne différentes espèces animales en une seule.

Lorsque Shark s'éclipse d'une soirée huppée organisée par Lee sur son yacht, il est capturé par Eel. Ce dernier, contrôlant mentalement diverses créatures marines, envoie son calmar géant couler le yacht de Lee.

À l'approche de Noël, tandis que les autres membres d'Alpha Teen préparent leurs affaires pour rendre visite à leurs familles, Axel, solitaire, pense à son père disparu. Il est attaqué par Dragon, un mercenaire ninja qui, comme Axel, maîtrise l'art martial Jo-Lan.

Hawk et les autres Alpha Teens sont entraînés à piloter l'Hypersonic Stratojet de M. Lee, un avion que Paine compte bien voler.

En route vers la station de ski glaciale d'Iron Mountain, les Alpha Teens sont accueillis par le Dr Magness, médecin dans une station de ski. Après une série d'incidents étranges impliquant les véhicules de l'équipe, Lioness soupçonne que le Dr Magness cache quelque chose à ses coéquipières.

Alors que Paine complote pour voler du plutonium à la centrale nucléaire, le colonel Richter, des forces de l'ordre de Landmark City, accuse Axel d'avoir dérobé un fourgon blindé rempli d'argent. Parallèlement, le père d'Axel, Sebastian Manning, semble être en vie.

Paine dérobe des cyborgs dans l'une des usines de Lee. Grâce à Spydah qui reproduit leurs schémas et en crée d'autres, Paine contrôle désormais sa propre armée de cyborgs.

Paine déchaîne un ouragan dévastateur sur Landmark City grâce au Modificateur Atmosphérique, un appareil conçu par le Dr Nimbus, dont Paine retient la famille en otage.

King ambitionne de remporter le titre mondial de la WWC. Paine, quant à lui, convoite la ceinture pour servir ses propres desseins maléfiques et engage le maître chanteur Vinnie Rossi pour remplacer Flesh, blessé.

Lee présente aux Alpha Teens Garrett, un adolescent surdoué mais quelque peu complexé. Dans une autre tentative pour apaiser sa propre souffrance intérieure, Paine envoie Flesh et Spydah kidnapper le Dr Evans, expert en ondes sonores et ancien professeur de Garrett à l'université Landmark.

Après avoir été renvoyé par Paine pour ne pas avoir réussi à récupérer une clé USB cruciale protégée par les Alpha Teens, Spydah a l'intention de faire ses preuves auprès de son ancien patron.

Après la disparition du Mecha Speeder de Lee et de l'équipage du cargo qui le transportait, les Alpha Teens sont envoyés enquêter la nuit d'Halloween. Ils découvrent une partie de Landmark City quasiment abandonnée, infestée de zombies. Leur chef, Bonez, intègre rapidement Hawk, Shark et Lioness à leurs rangs.

Après avoir été une nouvelle fois stoppé par les Alpha Teens, Paine fait appel à cinq athlètes de l'extrême pour les éliminer une fois pour toutes.

Magness revient à Landmark City avec son nouveau petit ami, D-Zel. Elle sème la zizanie, auprès des Alpha Teens et de son père. D-Zel vit une transformation profonde qui le fait ne faire qu'un avec sa moto.

Lorsqu'un policier corrompu accuse à tort les Alpha Teens de vol de voiture, ils deviennent des fugitifs. Pire encore, Hawk et King sont capturés, arrêtés et condamnés à purger leur peine dans la même prison que certains des criminels qu'ils ont arrêtés.

Après qu'une météorite a provoqué une panne de courant à Landmark City, Paine compte s'en emparer pour plonger la ville dans l'obscurité de manière bien plus durable.

Flesh et Spydah empoisonnent Axel avec le venin puissant d'une araignée d'eau très toxique. Alors qu'Axel reçoit des soins médicaux Shark est chargé de diriger l'équipe par lui-même.

L'épée mystique de Jo-Lan est dérobée au musée de Landmark City par un groupe de ninjas, et les Alpha Teens se rendent jusqu'à Hong Kong pour la récupérer. Dragon fait son retour, manifestant de l'intérêt pour l'épée, avec des intentions mystérieuses et des alliances incertaines.

Alors que les Alpha Teens découvrent enfin l'emplacement de la base de Paine, ce dernier cherche à creuser un tunnel sous Landmark City pour inonder la ville de lave. Toutefois, en raison de la chaleur intense de la lave, Paine contraint Vinnie Rossi à accomplir cette tâche.

Désormais sans base, Paine cherche à utiliser une télécommande capable de contrôler des appareils électroniques pour faire chanter Landmark City et obtenir les fonds nécessaires à sa reconstruction. Eliza, la cousine brésilienne de Lioness, vient lui rendre visite et ne tarde pas à attirer l'attention de Hawk et Shark. De leur côté, Axel et Garrett pénètrent par hasard dans une pièce mystérieuse de Lee Industries, dont l'accès est strictement réservé à Lee lui-même.

Un an après la mort présumée de son père, causée par une bombe fabriquée par Paine, un Axel frustré cherche à mettre ce dernier hors d'état de nuire une bonne fois pour toutes, quitte à interférer avec le travail de la police et à diviser l'équipe. Lee crée une créature ressemblant à un lézard, baptisée « Axel Manning advanced enhancement ».