Saison 1

Bowser a changé Ludwig Von, Larry, Morton Jr et Roy en Koopa Ninja géants. Ce premier souhaite conquérir le Pays des Géants et pour cela ils ces fils vont enlever le Prince Hugo.

Wendy-O réclame à Bowser, l'Amérique comme cadeau pour son anniversaire. Mario et Luigi décidés à sauver leur terre Natale vont tout faire pour l'en empêcher

Lemmy et Iggy volent un sarcophage dans une pyramide, une momie en sort et prend Mario pour son fils.

Les Koopas tentent de voler du pétrole au sultan du Pays du Désert. Les frères Mario vont tenter de les arrêter mais Larry et Wendy-O vont leur tendre un piège afin que Mario tombe amoureux de cette dernière.

La princesse Toadstool et Bowser organisent une élection pour savoir qui gouvernera le Royaume Champignon. Mais Larry et Ludwig Von vont l'aider à gagner avec une potion qui rend gentil.

Bowser bat en retraite et donne la clé de son château à la Princesse Toadstool. Elle s'y rend avec Mario mais ils vont tomber dans un piège.

La princesse Toadstool part en vacances à Hawaï et Mario et Luigi s'occupent du Royaume Champignon mais ils vont se rendre conte que s'occuper d'un royaume n'est pas si facile . La princesse elle commence à s'habituer à Hawaï.

Ludwig Von a fabriqué une machine à voyager dans le temps pour que les frères Mario disparaissent. Mais même en bébé les Frères Mario et Toad sont quand mêmes malins.

Wendy-O trouve Bowser trop sévère avec elle. Elle part pour Hollywood avec Morton Jr retrouver son "vrai" père.

Toad pense avoir perdu le million qu'il devait donner à l'orphelinat. Avec l'aide de ses cousins il va tenter de gagner un tournoi de lutte dont la récompense est un million en pièces d'or . Mais Larry va hypnotiser les cousins de Toad . Heureusement Mario et Luigi vont l'aider.

Mario et Luigi se sont disputés et se font la tête. Ils ne pensent pas que Bowser pourra les réconcilier.

Bowser fait sortir de la télé un héros de télévision pour anéantir les Frères Mario ce qui anéanti les deux frères vu que c'est leur héros préféré.

Toad s'improvise apprenti-magicien, mais les choses vont déraper. Surtout que Bowser et les Koopalings vont s'en mêler.

Les Frères Mario se retrouvent à New York et doivent surveiller un jeune garçon très turbulent . Et ce dernier va faire alliance avec Roy, Larry et Ludwig Von.

La princesse Toadstool a trouvé une carte menant à la boîte à musique de la Danse Fatale, ce qui pourrait nuire à Bowser.

Bowser kidnappe les Milli Vanilli car Wendy-O en est fan. Étant son groupe favori également la Princesse Toadstool compte les sauver.

Des humains se retrouvent accidentellement dans le Royaume Champignon. Une rumeur court que se sont des extras-terrestre jusqu'aux oreilles de Bowser.

Mario est sauvé de la noyade par la princesse du Pays de l'Eau. Depuis, il a une peur affreuse de l'eau.

Bowser et ses enfants font évader de prison un dangereux malfaiteur pour qu'il leur enseigne le crime.

Lemmy et Iggy transforment Luigi et le Roi du Pays de Glace en chiens . Ils mettent ensuite le cap sur Miami.

Bowser fait léviter en l'air le Royaume Champignon pour en prendre le contrôle.

Bowser offre à chacun de ses enfants un continent du monde réel et bloque les tuyaux du Royaume Champignon afin que nos deux plombiers et Toad ne s'en mêlent pas. C'est donc à la Princesse Toadstool de faire face à Bowser.

Bowser colorie les Champignons en rouge et bleu. Larry et Ludwig Von vont ensuite semer la zizanie.

Bowser se met à polluer tout New York.

Bowser vide Venise de ses habitants pour que Wendy-O y construise un parc aquatique.

Bowser a gagné les pouvoirs des Frères Mario mais ils ne fonctionnent que dans le monde réel. Il va donc prétexter l'enlèvement de Luigi à Paris pour faire tourner en bourrique nos trois héros.